手術(shù)切除是惟一有效的治療方法。以往考慮到該腫瘤將隨著骺板閉合會停止生長，而且惡變率極低(單發(fā)性在0.5%～1%，多發(fā)性為2%左右)，多主張出現(xiàn)局部疼痛、妨礙關(guān)節(jié)活動或壓迫血管、神經(jīng)和臟器時(shí)，才是手術(shù)切除的指征。目前，普遍提倡單發(fā)性骨軟骨瘤一經(jīng)確診，就應(yīng)擇期手術(shù)切除。
由于多發(fā)性骨軟骨瘤病變數(shù)目多，難以一次手術(shù)切除。而采取數(shù)次或數(shù)十次手術(shù)切除腫瘤，病人難以接受，所以，只能選擇性地切除那些有癥狀或妨礙關(guān)節(jié)運(yùn)動和伴發(fā)肢體畸形的骨軟骨瘤。肢體畸形的矯形手術(shù)可視其復(fù)雜程度，可與腫瘤切除術(shù)一期完成，或分期手術(shù)。
瘤體壓迫神經(jīng)，血管或影響關(guān)節(jié)活動，以及蒂部外傷發(fā)生骨折的，均有手術(shù)切除的指征。當(dāng)然無明顯癥狀的，也不禁忌手術(shù)。手術(shù)的重點(diǎn)是盡量從基底切除而不要剝離局部覆蓋的骨膜。軟骨帽和骨膜要一并切除，以免腫瘤復(fù)發(fā)。同時(shí)注意防止損傷骺板。