在各種臨床表現(xiàn)中，神經(jīng)系統(tǒng)癥狀是最常見的癥狀，這包括智能障礙，驚厥發(fā)作，共濟失調(diào)，構(gòu)音障礙、肌張力改變及未梢神經(jīng)炎等，其中又以智能障礙、驚厥最常見。
1.智能障礙。嬰兒期起病的遺傳性代謝病若不及時診治，除了少數(shù)病種以外，絕大多數(shù)都將出現(xiàn)智能障礙，而且常常是中度到重度的智能障礙。
智能障礙分三度
輕度：相當于智商50～70。患者在嬰幼兒期能認人，能說話，能坐，能立。但較同齡兒發(fā)育遲緩，且不敏捷，至年長時，雖然能自理生活和從事簡單勞動，但學習上接受能力差，判斷、記憶、吸取教訓的能力低于同齡兒，性格和行為亦多與正常同齡兒不同，至成年期，其智能只能達到7～12歲正常兒童的水平。
中度，相當于智商30～50。發(fā)育落后，運動不協(xié)調(diào)，雖然學會語言，但進展很慢，吐字不清，詞匯貧乏，能認人，但關(guān)系搞不清楚;學習困難，思維能力差，以后的智力多停留在3～7歲正常兒童的水平。
重度：相當于智商O～30。在胎兒期孕婦覺胎動少，新生兒期可發(fā)現(xiàn)哭聲低微，吸奶力差，吃奶量少，嬰兒期發(fā)現(xiàn)精神呆滯，對環(huán)境刺激的反應遲鈍，抬頭(豎頸)、坐起、站立行走等發(fā)育過程顯著遲滯;不能學會語言，僅能發(fā)出不成句的單音，以后智能雖有所進步，但遠遠落后于同齡兒，對外界無適當反應，不會避開或防御日常生活中可能遇到的危險或傷害，以后智力多停止在3歲以下正常兒童的水平。
據(jù)世界衛(wèi)生組織估計，在有嚴重智能障礙的患者中，10%左右的患者是由遺傳性氨基酸代謝異常造成的。西歐及美國所進行的大量普查工作表明，由于遺傳性氨基酸代謝異常所引起的智能發(fā)育落后的發(fā)病率約為全部出生活嬰的1：6000。在遺傳性氨基酸代謝疾病中除尿黑酸尿癥、白化病、良性高苯丙氨酸血癥等不伴智能障礙外，一般都伴有嚴重的智能障礙，這包括苯丙酮尿癥，楓糖尿癥，高組氨酸血癥，同型胱氨酸尿癥，酪氨酸血癥等等。其中以苯丙酮尿癥引起者最多。蘇聯(lián)統(tǒng)計了5662名嚴重智能障礙患者中，28.4%為遺傳缺陷。其中20%是苯丙酮尿癥引起的，這類疾病所引起的智能障礙一般具有如下特點：
(1)出生時沒有明顯的異常;
(2)開始進食若干時間后(幾天或幾周后)才出現(xiàn)神經(jīng)系統(tǒng)癥狀，
(3)隨年齡的增長，頭圍越來越小于正常兒童，智能發(fā)育進行性障礙，
(4)病理解剖顯示腦發(fā)育不良;
(5)早期診斷并及時給予適當?shù)娘嬍持委?，多?shù)患者可以不出現(xiàn)腦實質(zhì)的損害，智能發(fā)育可以正常。
糖代謝及脂質(zhì)代謝障礙中也有相當多的病例可引起智能障礙，如半乳糖血癥，各型粘多糖沉積病，尼曼一匹克氏病，GM1及GM2神經(jīng)節(jié)苷脂沉積病，巖藻糖沉積病，甘露糖沉積病等等。我國有一組240例小兒中重度智能障礙的病例報告，分析出生前因素中15%為糖脂代謝障礙性疾病所引起。這些疾病引起的智能障礙其特點為：
(1)細胞內(nèi)有特異的沉積物，
(2)沉積物是空泡性的，就是說，是有膜包繞的，用電子顯微鏡可以顯示其超微結(jié)構(gòu);
(3)智能障礙呈進行性;
(4)酶的替代療法至少在理論上是可以阻止病情的發(fā)展。
2.驚厥： 驚厥是很多遺傳性代謝病常見而重要的表現(xiàn)。以驚厥為特征的主要有神經(jīng)鞘脂病和氨基酸代謝異常所致的低血糖、高血氨癥等。
神經(jīng)鞘脂病系由于溶酶體內(nèi)水解酶活性不足，使鞘脂沉積于細胞內(nèi)所致。屬于這一類的疾病有Krabbe病，GM2神經(jīng)節(jié)苷脂沉積病，尼曼一匹克氏病嬰兒型和高雪氏病嬰兒型等。
氨基酸代謝異常引起的驚厥常為低血糖、高血氨所致。屬于這一類疾病的有甲基丙二酸尿癥、丙酸血癥、楓糖尿癥、高氨酸血癥I型等等。這類疾病引起的驚厥多發(fā)生在新生兒期，因此，有些醫(yī)院對新生驚厥患者除測血鈣外，還常規(guī)的檢查血糖、血氨及二氧化碳結(jié)合力。苯丙酮尿癥一般不在新生兒期出現(xiàn)驚厥，而在3～4個月后出現(xiàn)癲癇。
還有的驚厥是低鈉血癥引起。這以21羥化酶缺陷所致的失鹽型先天性腎上腺皮質(zhì)增生癥為代表，它通常在出生后第一周末發(fā)生。如果不認識和不經(jīng)治療，可導致嚴重水電解質(zhì)失調(diào)而致死。女性患兒根據(jù)外陰男性化，常有助于作出診斷。
糖代謝異常出現(xiàn)驚厥的有半乳糖血癥，糖原合成酶缺乏癥，l型糖元代謝病等，其機理也是由于低血糖所致的腦損傷。
3.共濟失調(diào)：遺傳性代謝病引起的共濟失調(diào)可以分間歇性急性與慢性進行性兩類。造成間歇性急性共濟失調(diào)的病有遺轉(zhuǎn)性共濟失調(diào)性毛細血管擴張癥、高丙氨酸血癥、間歇性楓糖尿癥、色氨酸轉(zhuǎn)運異常及先天性高氨血癥等。引起慢性進行性共濟失調(diào)的病有Refsum氏病、無B脂蛋白血癥，異染性腦白質(zhì)營養(yǎng)不良、皮層外軸突發(fā)育不良、氨基己糖苷酶缺乏癥的少年型、乳糖基?；拾贝歼^多癥及脂褐質(zhì)沉積病等。
4.肌張力改變：可分為肌張力減弱，肌張力增強和肌陣攣三種。引起肌張力減弱的遺傳性代謝病有GMl和GM2神經(jīng)節(jié)苷脂沉積病，蠟樣脂褐質(zhì)沉積病，尼曼一匹克氏病， Farber氏病，巖藻糖沉積病以及異染性腦白質(zhì)營養(yǎng)不良，Duchenne型進行性肌營養(yǎng)不良癥等。
引起肌張力增強的疾病有球形細胞腦白質(zhì)營養(yǎng)不良、高雪氏病，腎上腺腦白質(zhì)營養(yǎng)不良、粘多糖沉積病Ⅵ型及肝豆狀核變性等。有些原來導致肌張力減弱的疾病，在某些人中又可表現(xiàn)出肌張力增強。引起肌陣攣的疾病基本上與引起驚厥的疾病相重疊，它們有時以全身性驚厥為主要表現(xiàn)，有時又可僅表現(xiàn)為肌陣攣。
5.昏睡：有些遺傳性代謝病可表現(xiàn)出昏睡，如GM1、GM3神經(jīng)節(jié)苷脂沉積病、楓糖尿癥、高賴氨酸血癥、丙氨酸血癥、扭結(jié)發(fā)綜合征、先天性乳酸增多癥，甲基丙二酸尿癥，精氨酸代琥珀酸尿癥，鳥氨酸氨基甲酰磷酸轉(zhuǎn)移酶缺乏癥(高氨血癥I型)、氨基甲酰磷酸合成酶缺乏癥(高氨血癥I型>，瓜氨酸血癥等。
6.末梢神經(jīng)炎，可見于粘多糖沉積病I、Ⅱ、Ⅵ型，粘脂沉積病I、Ⅲ型，異染性腦白質(zhì)營養(yǎng)不良，F(xiàn)abry氏病，a脂蛋白缺乏癥、球形細胞腦白質(zhì)營養(yǎng)不良嬰兒型，尼曼一匹克氏病嬰兒型，Refsum氏病，中樞神經(jīng)系海綿樣變性。急性間歇性卟啉癥等。