典型病例的診斷一般無困難。但疾病早期，常因癥狀不明顯或缺乏特征性而易漏診。下列幾點(diǎn)可做為診斷本病的依據(jù)。
一、臨床表現(xiàn)有長(zhǎng)期發(fā)熱、盜汗、腹痛、腹瀉(或便秘)的青壯年患者。
二、肺結(jié)核或其它腸外結(jié)核患者原病灶已好轉(zhuǎn)，但消化道癥狀和結(jié)核毒血癥狀反見加重者。
三、右下腹腫塊伴壓痛，或出現(xiàn)原因不明的不完全性腸梗阻表現(xiàn)者。
四、胃腸X線檢查回盲部有激惹、鋇劑充盈缺損或狹窄征象者。
對(duì)于疑有腸結(jié)核的患者，在初步排除相關(guān)的疾病后，仍難確診時(shí)，可給予抗結(jié)核藥物，治療兩周，觀察療效，以幫助診斷。
本病應(yīng)與下列疾病相鑒別
一、克隆病
本病的臨床表現(xiàn)和X線征象與腸結(jié)核極為酷似，有時(shí)甚難鑒別，可借助下列幾點(diǎn)協(xié)助診斷。
?、俦静o肺結(jié)核或腸外結(jié)核病史;
?、诓〕桃话愀L(zhǎng)，不經(jīng)抗結(jié)核治療可出現(xiàn)間斷緩解;
?、奂S便及其它體液及分泌物檢查無結(jié)核菌;
?、躕線檢查可見病變以回腸未端為主，有多段腸曲受累，并呈節(jié)段性分布;
?、菽c梗阻、糞瘺等并發(fā)癥較腸結(jié)核更為多見;
?、耷谐∽兡c段作病理檢查無干酪樣壞死，鏡檢與動(dòng)物接種均無結(jié)核桿菌。
二、右側(cè)結(jié)腸癌
?、俦静“l(fā)病年齡多為40歲以上中老年人;
?、跓o長(zhǎng)期低熱、盜汗等結(jié)核毒血癥及結(jié)核病史;
?、鄄∏檫M(jìn)行性加重，消瘦、蒼白、無力等全身癥狀明顯;
④腹部腫塊開始出現(xiàn)時(shí)移動(dòng)性稍大且無壓痛，但較腸結(jié)核腫塊表面堅(jiān)硬，結(jié)節(jié)感明顯;
?、軽線檢查主要有鋇劑充盈缺損，病變局限，不累及回腸;
?、弈c梗阻較早、較多出現(xiàn);
?、呃w維結(jié)腸鏡檢可窺見腫瘤，活檢?？纱_診。在臨床上結(jié)腸癌的發(fā)病率較腸結(jié)核為高。
三、阿米巴或血吸蟲病性肉芽腫
腸阿米巴或血吸蟲病可形成肉芽腫病變，在鑒別診斷上應(yīng)注意。
該類疾病無結(jié)核病史，膿血便較常見，糞便中發(fā)現(xiàn)有關(guān)的病原體，直腸及結(jié)腸鏡?？勺C實(shí)診斷，相應(yīng)的特異性治療有效。
四、其他疾病
除上述疾病外，腸結(jié)核尚應(yīng)與下列疾病鑒別：以腹痛、腹瀉為主要表現(xiàn)者應(yīng)與腹型淋巴瘤、腸放線菌病相鑒別。
以急性右下腹劇痛為主要表現(xiàn)者應(yīng)注意避免誤診為急性闌尾炎;以慢性腹痛牽扯上腹部者易與消化性潰瘍、慢性膽囊炎混淆;有稽留高熱者需排除傷寒。