典型的病程可分為下列4期。
(1)初期：病初3天即病毒血癥期，起病急，一般無明顯前驅(qū)癥狀，可有發(fā)熱、神萎、食欲不振、輕度嗜睡，大兒童可訴有頭痛，嬰幼兒可出現(xiàn)腹瀉，體溫在39℃ 左右，持續(xù)不退，此時(shí)神經(jīng)系統(tǒng)癥狀及體征常不明顯而誤為上感，少數(shù)患者出現(xiàn)神志淡漠，激惹或頸項(xiàng)輕度抵抗感。
(2)極期：病程3～10天，此期患者除全身毒血癥狀加重外，突出表現(xiàn)為腦損害癥狀明顯。
①高熱：體溫持續(xù)升高達(dá)40℃以上并持續(xù)不退直至極期結(jié)束，高熱持續(xù)7～10天，輕者短至3～5天，重者可3～4周以上，一般發(fā)熱越高，熱程越長，臨床癥狀越重。
?、谝庾R(shí)障礙：患者全身癥狀加重，且出現(xiàn)明顯的神經(jīng)系統(tǒng)癥狀和體征，患者意識(shí)障礙加重，由嗜睡轉(zhuǎn)入昏迷，發(fā)生率50%～94%，昏迷愈早、愈深、愈長，病情愈重，持續(xù)時(shí)間大多1周左右，重癥者可達(dá)1個(gè)月以上。
?、垠@厥：發(fā)生率40%～60%，是病情嚴(yán)重的表現(xiàn)，重者驚厥反復(fù)發(fā)作，甚至肢體強(qiáng)直性痙攣，昏迷程度加深，也可出現(xiàn)錐體束癥狀及四肢不自主運(yùn)動(dòng)。
?、苌窠?jīng)系統(tǒng)癥狀和體征：乙腦的神經(jīng)系統(tǒng)癥狀多在病程10天內(nèi)出現(xiàn)，第2周后就少出現(xiàn)新的神經(jīng)癥狀，常有淺反射消失或減弱，深反射先亢進(jìn)后消失，病理性錐體束征如巴賓斯基征等可呈陽性，常出現(xiàn)腦膜刺激征。
⑤腦水腫及顱內(nèi)壓增高：重癥患者可有不同程度的腦水腫，引起顱內(nèi)壓增高，發(fā)生率25%～63%，輕度顱內(nèi)壓增高的表現(xiàn)為面色蒼白，劇烈頭痛，頻繁嘔吐，驚厥，血壓升高，脈搏先加速后減慢，早期神志清楚但表情淡漠，并迅速轉(zhuǎn)入嗜睡、恍惚、煩躁或譫妄，呼吸輕度加深加快。
?、藓粑ソ撸喊l(fā)生在極重型病例，發(fā)生率15%～40%，極重型乙腦因腦實(shí)質(zhì)炎癥、缺氧、腦水腫、腦疝、低血鈉腦病等引起中樞性呼吸衰竭，其中以腦實(shí)質(zhì)病變?yōu)橹饕颉?/p>
高熱、驚厥、呼吸衰竭是乙腦極期的嚴(yán)重癥狀，三者相互影響，尤為呼吸衰竭常為致死的主要原因。
⑦循環(huán)衰竭：少數(shù)乙腦患者可發(fā)生循環(huán)衰竭，表現(xiàn)血壓下降，脈搏細(xì)速，肢端冰涼并伴有嘔吐咖啡色液體。
大多數(shù)患者經(jīng)3～10天極期病程后，體溫開始下降，病情逐漸好轉(zhuǎn)，進(jìn)入恢復(fù)期。
(3)恢復(fù)期：此時(shí)患者體溫可在2～5天逐漸下降及恢復(fù)正常，意識(shí)障礙開始好轉(zhuǎn)，昏迷患者經(jīng)過短期的精神呆滯或淡漠而漸轉(zhuǎn)清醒，神經(jīng)系統(tǒng)病理體征逐漸改善而消失。部分患者恢復(fù)較慢，需達(dá)1～3個(gè)月以上。
(4)后遺癥期：后遺癥與乙腦病變輕重有密切關(guān)系。后遺癥主要有意識(shí)障礙、癡呆、失語及肢體癱瘓等，如予積極治療也可有不同程度的恢復(fù)?；杳院筮z癥患者長期臥床，可并發(fā)肺炎、褥瘡、尿道感染。癲癇樣發(fā)作后遺癥有時(shí)可持續(xù)終身。