遺傳因素
CLT由遺傳因素與非遺傳因子相互作用而產(chǎn)生已成為人們的共識，甲狀腺自身抗體的產(chǎn)生與常染色體顯性遺傳有關(guān)，在歐洲及北美，CLT患者中HLA-B8及DR3，DR5多見，而日本人則以HLA-B35多見，徐春等用PCR-SSCP檢測30例漢族CLT患者的HLA-DQA1及DQB1位點的等位基因多態(tài)性，發(fā)現(xiàn)DQA1-0301的頻率明顯高于正常對照，推測可能是中國人發(fā)病的易感基因，美國一個研究機構(gòu)對56個患自身免疫性甲狀腺疾病的高加索人家庭的基因進行了分析，鑒定出6個與自身免疫性甲狀腺疾病相關(guān)的基因，其中，位于第6號染色體上的AITD-1基因與Graves病和CLT有關(guān);位于第13號染色體上的CLT-1及第12號染色體上的CLT-2與CLT的發(fā)病有關(guān)，此后，他們采用全基因組篩選法研究了一個共有27位家庭成員的美籍華人家庭，發(fā)現(xiàn)D1IS4191和D9S175與CLT有關(guān)，因而認為不同種族之間存在對CLT的不同基因易感性，Tomer等的研究則顯示，決定甲狀腺自身抗體產(chǎn)生的一個重要基因位于染色體2q33上，激活途徑中必不可少的協(xié)同刺激因子CTLA-4基因極有可能就是染色體2q33上的甲狀腺抗體基因。
免疫學(xué)因素
免疫學(xué)因素導(dǎo)致甲狀腺受損的機制還不完全清楚，目前多傾向于以下幾種機制：
(1)先天性免疫監(jiān)視缺陷：導(dǎo)致器官特異的抑制性T淋巴細胞數(shù)量和質(zhì)量異常，T淋巴細胞可直接攻擊甲狀腺濾泡細胞。
(2)體液免疫介導(dǎo)的自身免疫機制：HK細胞可在抗甲狀腺抗體協(xié)同下攻擊甲狀腺濾泡細胞，當(dāng)抗原抗體結(jié)合時，其復(fù)合物存在于靶細胞靶面，激活的HK細胞與抗體的Fc片段起反應(yīng)，而殺傷靶細胞，這種抗體依賴性HK細胞所參與的細胞毒性反應(yīng)，在CLT中是被甲狀腺球蛋白—甲狀腺球蛋白抗體復(fù)合物所激活，具有特異的細胞毒性而殺死甲狀腺濾泡細胞，此外，TPOAb本身就在甲狀腺組織中發(fā)揮細胞毒作用。
(3)與補體結(jié)合的抗甲狀腺抗體對濾泡細胞的溶解作用。
(4)先有淋巴細胞介導(dǎo)毒性，抗甲狀腺抗體對其起觸發(fā)和啟動作用。
(5)CLT患者常同時伴隨其他自身免疫性疾病，如惡性貧血，系統(tǒng)性紅斑狼瘡，類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎，Ⅰ型糖尿病，慢性活動性肝炎等，也證明自身免疫因素的存在。
環(huán)境因素
感染和膳食中的碘化物是CLT發(fā)生的兩個主要環(huán)境因素，Wenzel等用western blotting研究CLT患者血清中抗Yersinia細菌抗體時發(fā)現(xiàn)，這種抗體出現(xiàn)的頻數(shù)明顯高于非自身免疫性甲狀腺疾病患者與正常對照組，說明小腸和結(jié)腸感染Yersinia細菌與CLT的發(fā)生有關(guān)。
在碘缺乏地區(qū)或富含碘的地區(qū)，CLT的發(fā)病率均上升，說明碘在CLT發(fā)病中有重要作用，過量時，遺傳易感的動物可發(fā)生甲狀腺炎，但如碘在甲狀腺內(nèi)不耗竭，可阻止發(fā)展成嚴重的甲狀腺炎，其機制尚未闡明，Rose等發(fā)現(xiàn)，飲食中添加碘，CLT的甲狀腺損害明顯加重，CLT發(fā)生率增加，甲狀腺球蛋白碘化后，CLT中T細胞增殖，主要的致病抗原-Tg自身抗原效力增加，全身免疫反應(yīng)加重，可導(dǎo)致CLT。