腎結(jié)核多經(jīng)血行感染，因此，最初均為雙腎同時(shí)受累。結(jié)核桿菌進(jìn)入腎皮質(zhì)層腎小球的血管叢中，形成多數(shù)微小肉芽腫病灶。如果細(xì)菌量少、患者的免疫力高，則病灶限于皮質(zhì)內(nèi)，大都能自行愈合，臨床上呈不出現(xiàn)癥狀，稱為病理型腎結(jié)核。如果細(xì)菌量多、毒性強(qiáng)、患者免疫力下降，結(jié)核桿菌可經(jīng)腎小球過濾到腎小管髓襻，或經(jīng)血行抵達(dá)腎髓質(zhì)。由于該處血流緩慢、血循環(huán)差，易形成結(jié)核病灶。繼而病變經(jīng)腎小管、淋巴管或直接蔓延到腎乳頭，穿破腎乳頭到腎盞、腎盂，發(fā)生結(jié)核性腎盂腎炎，引起癥狀，稱為臨床型腎結(jié)核。臨床型腎結(jié)核多為單側(cè)腎結(jié)核。
腎結(jié)核的病理改變有結(jié)核結(jié)節(jié)、干酪樣壞死、空洞形成、腎纖維化、腎鈣化等等。結(jié)核結(jié)節(jié)是由纖維組織增生，漿細(xì)胞、淋巴細(xì)胞和上皮樣細(xì)胞圍繞菌落而形成的結(jié)節(jié)。結(jié)核結(jié)節(jié)可逐漸擴(kuò)大、彼此融合，中心壞死，而形成干酪樣病變。干酪樣物質(zhì)液化后可排入腎盂形成空洞，這種壞死潰破一般發(fā)生在腎乳頭處，進(jìn)而蔓延之腎盞、腎盂，在黏膜上形成結(jié)核結(jié)節(jié)和潰瘍。腎內(nèi)一旦形成空洞，多難于自行愈合，并逐漸擴(kuò)大，還可通過腎內(nèi)淋巴管、血行從腎的一部分?jǐn)U散到其他部分，最后形成多發(fā)空洞、腎積膿，使整個(gè)腎臟被破壞。腎結(jié)核發(fā)展至腎周圍時(shí)，可發(fā)生腎周圍炎或腎周圍冷膿腫，向外潰破則形成經(jīng)久不愈的結(jié)核竇道。另外，由于對干酪樣變的病理反應(yīng)使腎臟發(fā)生明顯纖維化，纖維組織使腎皮質(zhì)和髓質(zhì)分隔，血管周圍的纖維化又導(dǎo)致腎內(nèi)動(dòng)脈狹窄，使腎皮質(zhì)缺血、萎縮，稱為梗阻性腎皮質(zhì)萎縮。晚期腎結(jié)核可發(fā)生鈣化，先出現(xiàn)在空洞的邊緣，而后擴(kuò)散致整個(gè)腎臟，呈斑點(diǎn)狀或貝殼樣鈣化。如全腎鈣化、輸尿管完全閉塞，患腎尿液不能流入膀胱，膀胱結(jié)核可逐漸好轉(zhuǎn)愈合，則稱為“腎自截”。
輸尿管結(jié)核表現(xiàn)為黏膜的結(jié)核結(jié)節(jié)、潰瘍及管壁的纖維化。病變?yōu)槎喟l(fā)性，管腔呈節(jié)斷性狹窄，可使輸尿管增粗、變硬，形成一僵硬的條索，引起狹窄以上的輸尿管及腎盂擴(kuò)張積水。
膀胱結(jié)核主要表現(xiàn)為結(jié)核結(jié)節(jié)、潰瘍及膀胱攣縮。結(jié)核結(jié)節(jié)最先出現(xiàn)在患側(cè)輸尿管口周圍，然后向三角區(qū)及他處擴(kuò)散。結(jié)核結(jié)節(jié)可互相融合、形成潰瘍，潰瘍可深達(dá)肌層，引起嚴(yán)重廣泛的纖維組織增生，使膀胱肌肉失去收縮能力，容量縮小，當(dāng)膀胱容量小于50ml時(shí)，稱為膀胱攣縮。膀胱結(jié)核可使輸尿管口狹窄、閉合不全，洞穴樣改變。對側(cè)輸尿管口閉合不全或(和)狹窄，可使尿液反流或梗阻，進(jìn)而引起對側(cè)腎積液。此外，潰瘍可穿透膀胱壁，形成膀胱陰道瘺或膀胱直腸瘺。
尿道結(jié)核病變主要是潰瘍、纖維化及狹窄。