由于目前沒有特效的抗病毒藥物，尖銳濕疣的治療必須采用綜合治療。
治療原則，注意患者是否同時有淋球菌、衣原體、支原體、滴蟲、霉菌等病原體感染，如有應同時治療。患者配偶與性伴若有尖銳濕疣或其他性病，應同時治療。治療期間避免性生活。
一般只要堅持規(guī)則的綜合治療都可治愈。
1、手術療法
對于單發(fā)、面積小的濕疣，可手術切除;對巨大尖銳濕疣，可用Mohs氏手術切除，手術時用冷凍切片檢查損害是否切除干凈。
2、冷凍療法
利用-196℃低溫的液體氮，采用壓凍法治療尖銳濕疣，促進疣組織壞死脫落，本法適用于數(shù)量少，面積小的濕疣，可行1-2次治療，間隔時間為一周。
3、激光治療
通常用CO2激光，采用燒灼法治療尖銳濕疣，本療法最適用女陰、陰莖或肛周的濕疣。對單發(fā)或少量多發(fā)濕疣可行一次性治療，對多發(fā)或面積大的濕疣可行2-3次治療，間隔時間一般為一周。
4、電灼治療
采用高頻電針或電刀切除濕疣。方法：局部麻醉，然后電灼，本療法適應數(shù)量少，面積小的濕疣。
5、微波治療
采用微波手術治療機，利多卡因局麻，將桿狀輻射探頭尖端插入尖銳濕直達疣體基底，當看到就體變小、顏色變暗、由軟變硬時，則熱輻射凝固完成，即可抽出探頭。凝固的病灶可以用鑷子挾除。為防止復發(fā)，可對殘存的基底部重復凝固一次。
6、β-射線治療
我們應用β-射線治療尖銳濕疣取得了較為滿意的效果，該方法療效高，無痛苦、無損傷、副作用少，復發(fā)率低，在臨床上有推廣價值。
7、藥物療法
(1)足葉草脂
本療法適用濕潤區(qū)域的濕疣，例如發(fā)生于包皮過長而未曾作包皮環(huán)切除手術的龜頭及會陰部的濕疣。但對宮頸尖銳濕疣不能用足葉草脂治療。用20%足葉草脂酊劑涂到皮損處或用藥前，先有油質抗菌藥膏保護皮損周圍的正常皮膚或粘膜 ，然后涂藥，用后4-6小時，用30%硼酸水或肥皂水清洗，必要時3天后重復用藥，該藥是國外用于本病治療的首先藥，一般用一次可愈。但有很多缺點，如對組織破壞性大，使用不當可引起局部潰瘍。毒性大，主要表現(xiàn)為惡心、腸梗阻、白細胞及血小板減少，心動過速、尿閉或少尿，故使用時必須謹慎，發(fā)現(xiàn)上述反應時，應立即停藥。
(2)抗病毒藥
可用5%酞丁胺霜劑，或用0.25%皰疹凈軟膏，每日2次，外涂。無環(huán)鳥苷口服，每日5次，每次200mg，或用其軟膏外用，α-干擾素每日注射300萬單位,每周用藥五天?；蚋蓴_素300萬單位注入疣體基部，每周2次。連用2-3周，主要副作用為流感樣綜合癥，局部用藥副作用較少且輕微。
(3)腐蝕劑或消毒劑
常用有30%-50%三氯醋酸或飽和二氯醋酸，或18%過氧乙酸。用10%水楊酸冰醋酸或40%甲醛、2%液化酚、75%乙醇蒸餾水100ml混合溶液，點涂局部，用于龜頭、肛周濕疣，每日或隔日一次，效果甚好。消毒劑可用20%碘酊外涂，或2.5-5%碘酊注射于疣體基部，每次0.1-1.5ml，或用新潔爾滅外涂或以0.1-0.2%外敷，后者需配合全身療法。