泌尿系結(jié)核是全身性疾病。故須重視全身的治療。包括營養(yǎng)、環(huán)境、休息、醫(yī)療體育等。現(xiàn)代化學(xué)治療的進(jìn)展,使泌尿系結(jié)核的治療原則有所改變,以藥物治療為主，配合必要的手術(shù)治療。早期泌尿系結(jié)核病變較輕，范圍局限。在正確使用抗結(jié)核藥物治療后，多能治愈。只有在腎臟破壞嚴(yán)重或泌尿系統(tǒng)有嚴(yán)重并發(fā)癥,如輸尿管狹窄、膀胱結(jié)核性攣縮伴對側(cè)腎積水時(shí),才需要手術(shù)治療。手術(shù)旨在去除不可修復(fù)的破壞病灶，解除梗阻，搶救腎功能。
腎切除術(shù)適用于廣泛破壞的一側(cè)腎結(jié)核，或結(jié)核腎伴嚴(yán)重繼發(fā)感染而喪失功能者，此時(shí)可將病腎切除。雙腎結(jié)核并不是手術(shù)的絕對禁忌，一側(cè)腎結(jié)核破壞無功能，另一側(cè)病變較輕仍可將破壞嚴(yán)重的一側(cè)腎切除。
腎部分切除術(shù)適用于結(jié)核病灶局限于腎一極而藥物不能治愈，同時(shí)腎盞和輸尿管均無改變者。若唯一有功能的腎需作腎部分切除時(shí)，應(yīng)保留2/3的腎組織以免引起腎功能不全，適應(yīng)癥必須嚴(yán)格掌握。由于藥物治療的進(jìn)步，部分腎切除已極少應(yīng)用于腎結(jié)核的治療。
腎病灶消除術(shù)適用于腎實(shí)質(zhì)內(nèi)完全閉合或引流不暢難以愈合的結(jié)核性空洞。腔內(nèi)充滿干酪樣物質(zhì)者，藥物治療常不能奏效，且為潛伏感染的來源。通過切開清除，可防止膿腫擴(kuò)大或破潰，并可保留未受損害的腎組織。
腎結(jié)核并發(fā)嚴(yán)重膀胱結(jié)核伴對側(cè)腎積水或雙腎結(jié)核功能不良者，治療上較為復(fù)雜，應(yīng)積極搶救，盡量保存腎組織，恢復(fù)腎功能。
常用的抗結(jié)核藥物有利福平、異煙肼,吡嗪酰胺、乙胺丁醇及鏈霉素等。一般都選用二種或三種藥物聯(lián)合應(yīng)用效果較好，可延緩耐藥性的出現(xiàn)并減少毒性反應(yīng)。應(yīng)用利福平、異煙肼、吡嗪酰胺三者合用可將療程縮至6個(gè)月至1年。