1.中毒性菌痢
因乙腦發(fā)生在夏秋季，且多見于10歲以下兒童，故需與該季節(jié)發(fā)病較多的中毒性菌痢鑒別。后者起病急驟，發(fā)展迅速，于發(fā)病24h內(nèi)出現(xiàn)高熱、驚厥、昏迷、休克甚至呼吸衰竭，此時臨床上尚未出現(xiàn)腹瀉及膿血便等腸道癥狀，易與乙腦相混淆。但乙腦患者一般無上述迅猛發(fā)生的兇險(xiǎn)癥狀，而中毒性菌痢一般不出現(xiàn)腦膜刺激征。必要時可用生理鹽水灌腸，如獲得膿血樣便可作鏡檢和細(xì)菌培養(yǎng)以確診，特殊情況下可進(jìn)行腦脊液檢查，中毒性菌痢腦脊液多無變化。
2.化膿性腦膜炎
其中樞神經(jīng)系統(tǒng)癥狀和體征與乙腦相似，但化膿性腦膜炎中的流行性腦脊髓膜炎患者多見于冬春季，大多有皮膚黏膜瘀點(diǎn)，腦脊液混濁，其中白細(xì)胞增多達(dá)數(shù)千至數(shù)萬，中性粒細(xì)胞多在90%以上，糖量減低，蛋白質(zhì)含量明顯增高，腦脊液涂片及培養(yǎng)可獲得致病菌。乙腦有時尚需與其他早期化膿性腦膜炎及不徹底治療的化膿性腦膜炎鑒別，需參考發(fā)病季節(jié)、年齡、原發(fā)感染部位，并根據(jù)病情發(fā)展多次復(fù)查腦脊液，進(jìn)行血及腦脊液培養(yǎng)，并結(jié)合臨床進(jìn)行鑒別診斷。
3.結(jié)核性腦膜炎
無季節(jié)性，多有結(jié)核病史或結(jié)核病接觸史，嬰幼兒多無卡介苗接種史。起病緩慢，病程較長，腦膜刺激征較顯著，而腦癥狀如意識障礙等較輕，且出現(xiàn)較晚。腦脊液外觀毛玻璃樣，白細(xì)胞分類以淋巴細(xì)胞為主，糖及氯化物含量減低，蛋白質(zhì)含量增加，薄膜涂片時?？烧业浇Y(jié)核分枝桿菌，必要時作X線胸片檢查，眼底檢查及結(jié)核菌素試驗(yàn)以鑒別之。
4.其他病毒所致腦炎
(1)腸道病毒所致腦膜腦炎：目前發(fā)病率有增多之勢，夏秋乙腦流行季節(jié)中有20%～30%為其他病毒引起的腦炎。主要病原為柯薩奇及?？刹《?，這兩種腸道病毒引起的腦膜腦炎起病不如乙腦急，臨床表現(xiàn)較乙腦輕，中樞神經(jīng)系統(tǒng)癥狀不明顯，不發(fā)生明顯腦水腫及呼吸衰竭，預(yù)后良好，恢復(fù)后大多無后遺癥。
(2)腦型脊髓灰質(zhì)炎：為脊髓灰質(zhì)炎中罕見的臨床類型，其臨床表現(xiàn)酷似乙腦。起病急，高熱、昏迷、驚厥、瞳孔縮小、反應(yīng)遲鈍、四肢肌張力增高，并可出現(xiàn)四肢痙攣性或強(qiáng)直性抽搐，病程進(jìn)展迅速，病死率很高，流行季節(jié)亦在夏秋季。因此，需作血清學(xué)或病毒學(xué)檢查進(jìn)行鑒別。
(3)腮腺炎腦炎：在病毒性腦炎中較常見，多發(fā)生于冬春季，大多數(shù)有腮腺炎接觸史，腦炎往往在腮腺腫大后3～10天發(fā)生，少數(shù)在腮腺腫大前發(fā)生，亦可不發(fā)生腮腺腫大，血清淀粉酶測定及血清抗體檢測有助于鑒別診斷。
(4)單純皰疹病毒腦炎：病情重，發(fā)展迅速，常有額葉及顳葉受損的定位癥狀，腦電圖顯示局限性慢波，單純皰疹病毒性腦炎至今病死率仍在30%以上，存活者大多有不同程度后遺癥，腦脊液測定抗體有助于診斷。
5.腦型瘧疾
不規(guī)則發(fā)熱，肝脾多腫大，血中可找到惡性瘧原蟲，腦脊液檢查基本正常。