一、藥物治療
皮膚念珠菌病的治療 可選用外用藥物進行治療，如特比萘芬、克霉唑、萘替芬、布替萘芬、制霉菌、咪康唑、酮康唑等霜劑和軟膏制劑。也可口服酮康唑、兩性霉素B。
口咽、外生殖器念珠菌病 病情較輕這可局部應用制霉菌素、氟脲嘧啶軟膏，也可口服克霉唑、酮康唑、氟康唑、伏立康唑片、兩性霉素B。制霉菌素懸液與克霉唑錠劑(clotrimazole troches)對治療口腔鵝口瘡的療效相等，但后者的耐受性較好。對AIDS患者，制霉菌素懸液應用于口咽或食管念珠菌病的療效，不如克霉唑錠劑或其他口服咪唑類藥物。而氟康唑(片劑或懸液)和伊曲康唑(口服環(huán)糊精溶液劑)，則療效比酮康唑更好。念珠菌陰道炎患者還可以應用咪康唑(1200mg)、克霉唑(500mg)、硼酸栓劑或兩性霉素B陰道泡騰片。
深部念珠菌病 兩性霉素B是治療深部念珠菌病的首選藥，對播散性深部念珠菌感染最有效，但不良反應也最大。兩性霉素B對肝、腎有毒性，需嚴密監(jiān)測腎功能和血鉀水平。當播散性深部念珠菌感染引起多臟器病變時，可采用兩性霉素B(療程總量2.0～3.0g)聯(lián)合氟胞嘧啶100mg/(kg·d)進行治療。對于念珠菌膀胱炎，大多數(shù)病例于拔除膀胱導管后即可痊愈，若不愈可口服氟胞嘧啶75～100mg/(kg·d)，連用7～14天;或者口服氟康唑100～200mg/d，連用7～14天。對念珠菌血癥患者，氟康唑和兩性霉素B均有效。劑量氟康唑治療，日量400～800mg，連用14天(首次由靜脈給藥，隨后改為口服)。兩性霉素B 0.5～1.0mg/(kg·d)，連用7～14天。
對于有兩性霉素B耐藥或出現(xiàn)腎毒性等不良反應的患者可改用兩性霉素B脂質體，開始劑量為1 mg/kg/d一，逐漸增加至3～5 mg/kg/d。對氟康唑耐藥患者可用伏立康唑代替，伏立康唑為三代三唑類廣譜抗真菌藥，活性為氟康唑10～500倍?？诜盟帲扇?00 mg/次，1次/12 h，兒童2～12歲50～150 mg/次。靜脈給藥首日6mg/kg，維持用量3～4 mg/kg，1次/12 h，2次/d。對多種耐氟康唑、兩性霉素B的真菌感染有顯著治療作用。
二、非藥物治療
口咽念珠菌病中，對增生性白斑可采用冷凍、放射和手術治療。大多數(shù)念珠菌心內膜炎患者需作心瓣膜置換手術，以作為藥物治療的輔助措施。處理眼念珠菌病時除應用抗真菌藥物治療還應結合眼科治療，采用玻璃體切除術去除膿腫玻璃體，預防失明的發(fā)生。