自身免疫性肝炎的病因及發(fā)病機(jī)制尚不清楚，遺傳易感性被認(rèn)為是主要因素，而病毒感染、環(huán)境和藥物則可能是在遺傳易感基礎(chǔ)上的促發(fā)因素。
表達(dá)在肝細(xì)胞表面的肝特異性膜蛋白——去唾液酸糖蛋白受體(ASGP-R)以及微粒體細(xì)胞色素P4502D6(CYP2D6)目前被認(rèn)為是相對較明確的激發(fā)AIH的抗原?？乖豢乖f呈細(xì)胞遞呈到細(xì)胞表面與HLAⅡ類分子結(jié)合，進(jìn)而被T細(xì)胞受體(TCR)識(shí)別并激活T細(xì)胞的過程受編碼HLA分子的MHC等位基因多態(tài)性的影響。位于HLAIl類分子抗原結(jié)合槽上DRt3多肽鏈第67-72位氨基酸序列，尤其是第71位氨基酸的位置與AIH的發(fā)生有重要關(guān)聯(lián)，因?yàn)榈?1位氨基酸位于抗原結(jié)合槽的頂端，其位置決定HLA與抗原結(jié)合以及進(jìn)而被TCR識(shí)別的能力。
編碼該氨基酸序列的MHC等位基因在不同人群間存在著差異，具有AIH遺傳易感傾向的北歐及北美人第67～72位氨基酸序列為Leu-Leu- Glu-Gln-Lys-Ar9，其中第71位氨基酸為賴氨酸(Lys)，編碼該序列的MHC等位基因?yàn)镈RBl.0301、DRB3.0101和 DRBl.0401.具有AIH遺傳易感傾向的DR4陽性日本人的第71位氨基酸為精氨酸(Arg)，其編碼基因?yàn)镈RBl.0405.其他不同地域人群也有各自的HLA遺傳易感特點(diǎn)。除HLA外，TCR、VDR、TLR-4、TG即等在遺傳上的差異也都可能影響AIH的易感性。
激活的CD4+T細(xì)胞(包括Th1和Th2)通過T-B細(xì)胞膜的直接接觸以及釋放細(xì)胞因子刺激B細(xì)胞產(chǎn)生針對自身抗原的抗體，啟動(dòng)免疫損傷反應(yīng)。此外細(xì)胞因子還通過激活CD8+T細(xì)胞介導(dǎo)ADCC效應(yīng)殺傷肝細(xì)胞，激活TNF或Fas系統(tǒng)介導(dǎo)肝細(xì)胞凋亡，激活星形細(xì)胞促進(jìn)肝纖維化的發(fā)生。AIH 患者多表現(xiàn)Ts功能缺陷，其逃逸免疫耐受的機(jī)制尚不明確。