乙級(jí)聯(lián)賽創(chuàng)建之初(有間斷)采用預(yù)賽階段和決賽階段的兩個(gè)階段，預(yù)賽分成若干賽區(qū)(前期稱組)但出線球隊(duì)數(shù)目不定，決賽階段又分成分組賽和決賽，均采用循環(huán)賽賽會(huì)制。1965年乙級(jí)聯(lián)賽停辦，1978年乙級(jí)聯(lián)賽恢復(fù)后采用分階段的賽會(huì)制雙循環(huán)比賽，僅1983年實(shí)行單循環(huán)比賽，1984年乙級(jí)聯(lián)賽開始(包括作為次級(jí)聯(lián)賽和三級(jí)聯(lián)賽的時(shí)候)采用預(yù)賽階段和決賽階段兩個(gè)階段的比賽，除1992年分為兩個(gè)小組外都分成四個(gè)賽區(qū)，分由四個(gè)城市舉辦賽會(huì)制的比賽，每個(gè)賽區(qū)出線球隊(duì)數(shù)目不定，因此決賽階段的球隊(duì)數(shù)量也不定，決賽階段采取賽會(huì)制，或?qū)嵭刑蕴惢驅(qū)嵭醒h(huán)賽不定。1989年乙級(jí)聯(lián)賽開始作為第三級(jí)聯(lián)賽至今。
半職業(yè)聯(lián)賽時(shí)期(1994-2003年)
中國(guó)職業(yè)足球聯(lián)賽起步階段的全國(guó)足球乙級(jí)隊(duì)聯(lián)賽尚屬于半職業(yè)聯(lián)賽性質(zhì)，除職業(yè)足球俱樂部外，各大行業(yè)體協(xié)、機(jī)關(guān)單位、企業(yè)、學(xué)校和俱樂部梯隊(duì)都可以參加。
前期采取預(yù)賽階段和決賽階段兩個(gè)階段的賽制。1995年改為預(yù)賽階段、復(fù)賽階段和決賽階段三個(gè)階段，預(yù)賽階段即省市區(qū)的選拔賽，勝者進(jìn)去大區(qū)復(fù)賽;復(fù)賽階段初分五個(gè)賽區(qū)，1997年改為四個(gè)賽區(qū)，復(fù)賽實(shí)行主客場(chǎng)雙循環(huán)的比賽，賽區(qū)前三名進(jìn)入決賽階段;決賽階段采用賽會(huì)制，分成第一階段小組賽和第二階段淘汰賽(僅1995年是循環(huán)賽)，小組賽分為三個(gè)小組，小組前兩名和成績(jī)好的兩個(gè)小組第三名出線進(jìn)行每輪兩場(chǎng)淘汰賽，而決賽一場(chǎng)定勝負(fù)(1995年時(shí)小組賽前兩名出線進(jìn)行循環(huán)賽)，并一般不設(shè)三四名決賽。
1999年的乙級(jí)聯(lián)賽分為兩個(gè)階段，取消了預(yù)賽階段。第一階段是分組賽，3個(gè)組分別進(jìn)行主客場(chǎng)雙循環(huán)的比賽，小組前四名共十二支球隊(duì)進(jìn)入決賽階段。而決賽階段賽制不變。而2000年開始再次分為三個(gè)階段。第一階段是分區(qū)預(yù)賽，采用主客場(chǎng)雙循環(huán)賽制前三名出線進(jìn)入第二階段。第二階段是南北賽區(qū)的復(fù)賽，各六支球隊(duì)出線，第一階段交鋒過的對(duì)手不再交鋒第一階段的成績(jī)帶入復(fù)賽，每個(gè)賽區(qū)各四支共八支球隊(duì)進(jìn)入第三階段決賽階段。第三階段決賽階段實(shí)行賽會(huì)制淘汰賽，依然除了決賽外都每輪實(shí)行兩場(chǎng)的淘汰賽。
職業(yè)聯(lián)賽時(shí)期(2004-2010年)
2004年，中國(guó)各級(jí)職業(yè)足球聯(lián)賽進(jìn)行了改革，中國(guó)足球乙級(jí)聯(lián)賽正式劃入職業(yè)聯(lián)賽范疇之內(nèi)，當(dāng)年共有22支俱樂部報(bào)名參賽。2012年是迄今為止中乙聯(lián)賽規(guī)模大的一屆賽事,共有26支俱樂部報(bào)名參賽。改革后的中乙聯(lián)賽實(shí)行第一階段南北賽區(qū)主客場(chǎng)雙循環(huán)賽制和第二階段總決賽實(shí)行淘汰賽賽會(huì)制。起初是南北兩個(gè)賽區(qū)前四名出線進(jìn)入總決賽。2007年中國(guó)大學(xué)生足球聯(lián)賽冠亞軍也被允許參加總決賽的比賽，并且賽區(qū)冠軍直接晉級(jí)半決賽，其他六支球隊(duì)將和大學(xué)生足球聯(lián)賽冠亞軍球隊(duì)通過淘汰賽爭(zhēng)奪兩張半決賽的資格。2010年由于參賽球隊(duì)較少因此在第一階段分區(qū)賽中采取主客場(chǎng)四循環(huán)的賽制，總決賽階段也不再允許大學(xué)生球隊(duì)參加，且賽區(qū)冠軍直接進(jìn)入半決賽，賽區(qū)二三名則爭(zhēng)奪進(jìn)入半決賽的資格。
業(yè)余聯(lián)賽時(shí)期(2011-目前)
受到中國(guó)足球大環(huán)境的影響，2010年中乙聯(lián)賽僅有10支球隊(duì)報(bào)名參加，創(chuàng)造了建立中乙聯(lián)賽以來歷史參賽隊(duì)的新低。為了擴(kuò)大中乙聯(lián)賽的影響力，中國(guó)足協(xié)決定，2011年開始中乙聯(lián)賽退出職業(yè)聯(lián)賽系統(tǒng)，除職業(yè)足球俱樂部外，各省、市體育行政單位也可以組隊(duì)參賽，中乙聯(lián)賽又重新回到半職業(yè)聯(lián)賽的范疇。
