崇禎十四年(1641年) 冬，李自成軍入豫，李際遇與之合軍，攻克登封縣城。
清
順治十三年(1656年) 海寬入京師，刊《五家宗派世譜定祖圖》。次年領禮部札子，為清代第一位住持。
康熙四十三年(1704年) 圣祖御書“寶樹芳蓮”及“少林寺”匾額，賜少林寺。
雍正十三年(1735年) 世宗御批重修少林寺，整頓少林寺門頭。乾隆初年，由河東總督、河南巡撫王士俊主持重修少林寺，費銀九千兩。
乾隆五年(1740年) 河南巡撫雅爾圖上奏“少林寺僧徒，向以教習拳棒為名。”
乾隆十二年(1747年) 施奕簪、焦如衡編定《少林寺志》四卷，五萬余字，次年刊梓。
乾隆十五年(1750年) 九月三十日，高宗巡幸少林寺，題詩書匾，夜宿少林寺方丈室。
道光八年(1828年) 河南道員麟慶代巡撫楊海梁祭祀嵩山時，至少林寺觀看武僧校拳。
道光三十年(1850年) 鴉片戰(zhàn)爭結束，政府軍隊普遍配備火器，武術普遍民間化。上層社會武術功能轉向健身。
咸豐四年(1854年) 王祖源入少林寺習《易筋經》，晚年刊《內功圖說》行世。
同治元年(1862年) 捻軍西征，三月至九月兩次過登封縣境。是年蝗災。
中華民國
民國初年(1911-1920年) 世局動亂，土匪蜂起，少林寺購置火器成立保衛(wèi)團，當家和尚恒林任團長。
民國四年(1915年) 民國政府教育部通令武術進入西方模式新式學校課程。
民國五年(1916年)王云華修葺緊那羅神殿。
民國十二年(1923年) 恒林圓寂，弟子妙興繼任。吳佩孚部收編少林寺保衛(wèi)團為第一團，妙興任團長。
民國十六年(1927年) 妙興率團赴舞陽，與任應岐部交戰(zhàn)陣亡，保衛(wèi)團武僧四散。
民國十七年(1928年) 三月十五日，國民軍石友三火燒少林寺。天王殿、大雄殿、客堂、鐘鼓樓、藏經樓及所藏之大藏經、《少林寺志》木版、北朝石刻造像碑等皆毀。
民國十七年(1928年) 民國政府成立中央國術館，省、市、縣通設國術館(社)。大批民間拳師進城任教。以“增進全民健康為宗旨”。“仿舊時武科考試和近代體育競賽，”舉行全國國術考試。武術走向競賽標準化。
民國二十年(1930年)唐豪出版《少林武術考》。
民國二十五年(1936年)日本武士宗道臣至少林寺學藝。回日本后，創(chuàng)立日本少林寺拳法聯(lián)盟。
